20 февраля 1955 года после 15 часов пароход «Баскунчак» снялся с якоря и взял курс на Холмск. Больше его никто не видел.
В 15 часов 30 минут капитан Зелянин дал Холмскому порту п Сахалинскому морскому пароходству радиограмму, в которой сообщал грузовой план и предупреждал о приходе в порт в 24 часа 20 февраля.
Между тем ветер крепчал, шторм с каждым часом набирал обороты. В 23 часа 30 минут в гидрометеобюро Зелянин передал координаты и доложил обстановку: «Наблюдаю северо-восточный ветер силой до 9 баллов с пургой». К 24 часам «Баскунчак» находился в районе маяка Слепиковского. С двух часов ночи 21 февраля ветер принял северное направление и вскоре усилился до 11 баллов. Между 10 и 12 часами ветер переменился на северо- западный и достиг ураганной силы. В 11 часов 22 минуты радиостанция пароходства приняла от Зсляиина радиограмму с грифом «аварийная»: «Нахожусь около траверза Холмска 40 миль. Волной срывает трюмные брезенты, смыло матроса Уткина. Судно не управляется». В 11 часов 40 минут поступило новое сообщение: «Ветром оборвало антенны, аварийная и приемная антенны восстановлены. Главную восстановить невозможно, ветер 12 баллов, пурга, налипание снега». Зеляпину передали последнюю радиограмму, принятую судном. Начальник морской инспекции Глаза- чев рекомендовал следовать зюйд-вест, чтобы укрыться под приморским берегом. На этом связь с пароходом прекратилась. Через четыре часа, не имея от Зелянина никакой информации, главный инженер пароходства П. Лиманчук, исполнявший обязанности начальника пароходства, распорядился передать на «Баскунчак»: «Сообщите позицию, обстановку, подробности случая матросом Уткиным». Однако на многочисленные вызовы береговой радиостанции «Баскунчак» не отвечал. В 0 часов 20 минут 22 февраля начальник связи пароходства Черников радировал всем судам, находившимся в море: «Не имеем связи с пароходом «Баскунчак», на судне порвало антенны, судно испытывает жестокий шторм. Установите связь». Радиограмму приняли на «Якутии», «Комсомольце», «Палане», «Алтае», «Родине», «Павловске», «Енисее». Но «Баскунчак» не отвечал никому.
Над огромными пространствами северо-западной части Тихого океана 20–22 февраля разбушевался ураган, какого не могли припомнить работники Холмского гидрометеобюро. Явление это было названо чрезвычайным. В этом аду оказались вышеперечисленные суда, некоторые смотрели в глаза холодной смерти и боролись на пределе сил. Пароход «Павловск» потерял управление и дрейфовал на расстоянии одной мили от японского острова Ребун. «Нарва» штормовала в проливе Лаперуза. Там же трепало «Волховстрой», который имел на борту около тысячи пассажиров. Что они испытывали в бушующем море, вмещалось в одно слово — ужас. Буксир «Сталинградец» находился вблизи «Нарвы» и «Волховстроя», связь с ним временами прекращалась из-за обрыва антенн, управлялся он с трудом из-за обледенения. «Брест», находившийся около Сангарского пролива, передавал: «Судно несет в сторону берега. Прошу следить за мной». «Скала» с трудом держалась в южной части Татарского пролива, имея к тому же ограниченный запас топлива. Посланный на помощь «Павловску» морской буксир «Отпор» сам попал в бедственное положение. Капитан «Отпора» Виктор Привалов писал в рейсовом донесении: «Я поспешил, чтобы укрыться за Крильоном, но дующий норд-ост силою до 11 баллов стал заливать корму, что привело к интенсивному обмерзанию всего судна. Вышел из строя радиолокатор, антенны которого покрылись льдом. В 3.00 21.02 ветер зашел на норд-вест до 12 баллов. Волной сбило тумбу механического лота и банкет над сектором руля. Из-за сильного заливания вышли из строя радиопеленгатор и передатчик, сорвало антенну. Корма все время находилась под водой… Получил указание следовать на поиски парохода «Баскунчак». Форсируя ход, взял курс к приморскому берегу, куда предположительно должен был направляться «Баскунчак». Судно сильно обледенело, в 12.00 команда была вызвана на аврал, к мачте локатора возможен стал доступ. С антенного устройства счистили лед, промыли его пресной горячей водой, «Нептун» был запущен, море просматривалось на всех диапазонах, но никаких целей не обнаружилось».
Уже в час ночи 22 февраля доложили в Москву главмор- ревизору Министерства морского флота и во Владивосток начальнику инспекции Дальневосточного пароходства Лютикову о принятых мерах по поиску парохода «Баскунчак». В 9 часов утра связались с начальником военно-транспортной службы бассейна Абрамовым и попросили организовать наблюдение береговыми постами. В 12 часов было отдано распоряжение судам «Алтай», «Палана», «Лесогорск», следовавшим из Владивостока в Холмск, организовать тщательное наблюдение за морем и эфиром. По просьбе Сахалинского обкома КПСС военное командование направило два самолета на поиски потерявшегося судна. Ежедневно в Холмск звонил первый секретарь обкома П. Чеплаков, требовал подробных докладов. В течение трех суток — 22, 23 и 24 февраля судами пароходства, рыболовными сейнерами, самолетами были тщательно обследованы южная часть Татарского пролива и северная часть Японского моря. Поиски никаких результатов не дали. 25 февраля рыболовный сейнер № 556 в районе поселка Калинино подобрал в море пять трюмных лючин, характерных для пароходов финской постройки. В том же районе буксир «Норд-ост» нашел поломанные трюмные лючины. Немного южнее пароход «Палана» поднял иллюминаторную деревянную коробку финского изготовления. Позже разными судами, а также пограничными постами были подобраны различные предметы судового оборудования, в том числе спасательные круги с надписью «Баскунчак», спасательный вельбот в перевернутом положении с вырванной носовой частью. Сквозь тонкий слой белил просвечивала надпись: «Баскунчак». Капитан флота Ясноморского рыбокомбината Григорьев сообщил, что на берегу найдены дверная рама с табличкой «Румпельное освещение», дверь с иллюминатором, трюмная шина и несколько лючин, одна из которых переломана поперек.